پس از شکست محمد و گریز او و مقاومت ۱۰ ساله جانشینش جلال‌الدین خوارزمشاه، شهر‌های طوس، نیشابور و در ادامه دامغان، ری، قم، قزوین، همدان، مراغه و اردبیل ویران شده و حکومت خوارزمشاهیان نابود شد. چهل سال پس از آن با فرماندهی هلاکو، مغولان قلعه های اسماعیلیه و شهر بغداد را فتح و موجب سقوط خلافت عباسی پس از ۵۰۸ سال نیز شدند. بعد از این، مغولان با گذر از ویرانی و قتل عام‌های فراوان حکومت بر منطقه را گزیدند و سلسله ایلخانیان آغاز شد. خسارت های وارد شده بر کشور فراتر از ضرر های اقتصادی بود؛ صنعتگران فراوانی به اسارت گرفته شدند، قنات‌ها و آبراهه‌ها نابود و کشاورزی با چالش جدی مواجه شد. در این توحش مراکز علمی فراوانی با خاک یکسان شدند. دانشمندان گریخته و به مکان های امن منطقه همچون هند و آسیای صغیر پناه بردند. حمله مغول به ایران و ویرانی آن با گذر از آسیب‌های حمله‌ی اعراب، بزرگترین فاجعه تاریخ کشور به شمار می رود؛ تعداد کشته‌شدگان در این جنگ به طور دقیق بیان نشده ولی عدد پانزده میلیون نفر نزدیک‌ترین به واقعیت برشمرده می شود.
دلایل شکست خوارزمشاهیان نادانی محمد خوارزمشاه از اهمیت ارتباط دوستانه با مغولان، خیانت خلیفه عباسی و بی نظمی داخلی برشمرده شده است. پس از آن اوج ناامیدی مردم با گرویدن به مذهب صوفیه آشکار می شود. مذهبی که اتفاقات دوره را محصول دلبستگی مردم به دنیا می‌دانست. این تفکر در پی انکار مطلق زندگی برآمده بود، اما این دلایل برای خشکاندن ریشه تفکر در جامعه کافی نبود.
در این دوره شاعران و متفکران فراوانی زیسته‌اند. سعدی استاد سخن چندی از عمر خود را به پند اندرز دادن به پادشاهان و شاهزادگان ایلخانی گذراند. یکی دیگر از شاعران هم دوره شیخ اجل سیف فرغانی بود. او جز یک بار هیچگاه به مدح پادشاهان نپرداخت و شاعران دیگر را نیز به دوری از مدیحه‌گویی سفارش کرد. معروف ترین شعر او که مقصود آن را مغولان موحش دانسته‌اند، قصیده‌ایست که باور‌های درونی او را آشکار می‌کند؛ باورهایی که زنده کردن امید در دل مردم هدف آن هاست. مردمی که در طول تاریخ از تخت به زیرکشده شده‌اند؛ مردمی که آرزوی شکوه ایران را در دل و نابودی تحجر را در سر دارند. سیف این‌گونه آغاز می‌کند:
هم مرگ بر جهان شما نیز بگذرد هم رونق زمان شما نیز بگذرد
وین بوِم محنت از پی آن تا کند خراب بر دولت آشیان شما نیز بگذرد
باد خزان نکبت ایّام ناگهان بر باغ و بوستان شما نیز بگذرد
آب اجل که هست گلوگیر خاص و عام بر حلق و بر دهانِ شما نیز بگذرد
و این‌گونه به آنان گوشزد می‌کند که هیچ چیز ابدی نیست و دوران نحوست شما نیز به پایان می رسد.
و این چنین ادامه می‌دهد:
ای تیغتان چو نیزه برای ستم دراز این تیزی سنان شما نیز بگذرد
چون داد عادلان به جهان در بقا نکرد بیداد ظالمان شما نیز بگذرد
در نظر او تاریکی گذراست و ظلم و جور خودکامگان پایان خواهد یافت.
در ادامه این گونه می سراید:
در مملکت چو غُرّش شیران گذشت و رفت این عوعو سگان شما نیز بگذرد
آن کس که اسب داشت غُبارش فرونشست گرد سُم خران شما نیز بگذرد
بادی که در زمانه بسی شمع‌ها بکُشت هم بر چراغدان شما نیز بگذرد
زین کاروان سرای بسی کاروان گذشت ناچار کاروان شما نیز بگذرد
ای مُفتخر به طالعِ مسعود خویشتن! تاثیر اختران شما نیز بگذرد
این نوبت از کسان به شما ناکسان رسید نوبت ز ناکسان شما نیز بگذرد
بیش از دو روز بود از آن دگر کسان بعد از دو روز از آن شما نیز بگذرد
سیف جلال و جبروت ایران را در خاطر دارد از جم ها و کی ها، از کیانیان و اشکانیان، از عدالت کوروش تا شجاعت سورنا.
بر تیر جورتان ز تحمّل سپر کنیم تا سختیِ کمان شما نیز بگذرد
در باغ دولت دگران بود مدّتی این گُل، ز گُلستان شما نیز بگذرد
آبیست ایستاده دراین خانه مال و جاه این آب ناروان شما نیز بگذرد
ای تو رمه سپُرده به چوپان گرگ طبع! این گُرگیِ شبان شما نیز بگذرد
پیل فنا که شاه بقا مات حُکم اوست هم بر پیادگان شما نیز بگذرد
ای دوستان! خوهم که به نیکی دُعای سیف یک روز بر زبان شما نیز بگذرد
امید دستمایه‌ی سیف در این ابیات است؛ امید به برافتادن حکومت ظلم؛ امید به گذر از ددمنشی و واپسماندگی؛ امید به وصال ابدی با خویشتن.
